Fillimet e institucionit të bashkisë në Shkodër datojnë në vitin 1865.
Ajo u quajt “Beledie” (nga turqishtja), e kjo deri në vitin 1913, “Përlimtare” deri në vitin 1920 dhe “Bashki” (pas këtij viti).
Deri në shpalljen e Pavarësisë këtë institucion e kanë drejtuar; Ibrahim Idriz Hoxha, Selim efendi Çoba, Isuf efendi Golemi, Bektash agë Kazazi, Shaqir beg Bushati, Riza beg Kopliku e Muharrem Gjylbegaj. Ky i fundit, përveç të tjerave, ka meritën që ngriti flamurin kombëtar me 28 nëntor 1913 në institucionin që drejtonte, si simbol i bashkimit të Shkodrës e krahinave të saj me qeverinë e parë shqiptare të krijuar në Vlorë nga Ismail Qemali një vit më parë. Po ashtu edhe për ngritjen e këtij flamuri në Kalanë e Shkodrës më 19 mars 1914.
Më 1916, kryetar i bashkisë së Shkodrës u zgjodh Musa Juka, i cili, në këtë vit, rikonstruktoi ndërtesën, që edhe sot është selia e Bashkisë së qytetit.
Këtë funksion, Musa Juka e mbajti gjatë periudhës së sundimit austro-hungarez (1916-1918), në atë të protektoratit të forcave ndër-aleate (1918-1920) dhe atë të qeverisë shqiptare që doli nga Kongresi i Lushnjes (1920-1924).
Në periudhën qershor – dhjetor 1924, kryetar i bashkisë ishte Muhamet Gjyrezi, kurse në janar 1925, Mehmet Shpuza. Me 24 gusht 1928 në këtë post vjen Rustem Ymeri, që pas disa muajsh, zëvëndësohet nga Izet Dibra (deri në qershor 1930). Prej kësaj kohe (deri në janar të vitit 1931) vjen në këtë detyrë Zenel Prodani. Për dy vjet (janar 1931-mars 1933) kryetar i bashkisë së Shkodrës rikthehet Rustem Ymeri. U zëvëndësua nga Zenel Prodani gjatë periudhës prill 1935 – gusht 1937). Për dy vjet (gusht 1937- qershor 1939) në këtë post ishte Ndoc Çoba.
Për tre vjet (1939-1942) ishte Mark Kakarriqi e pas tij; Zef Shiroka, (maj 1942-shkurt 1943), Loro Suma (Shkurt 1943-prill 1943), Zef Gjeta (prill 1943 – korrik 1944), dhe i fundit, Dhimitër Bojaxhiu (deri në 1945).
Struktura e bashkisë, në formën më përparuar të paraluftës (1928-1939) përbëhej nga Kuvendi i Bashkisë, Këshilli i Bashkisë, Kryetari i Bashkisë dhe Personeli i Bashkisë.
Në periudhën 1945-1992, detyrat e bashkisë i ka kryer Komiteti Ekzekutiv i k.p. të qytetit.
Më shndërrimet demokratike të viteve ’90, zgjedhjet e para pluraliste për postin e kryetarit të Bashkisë së Shkodrës (26 korrik 1992), në mes të 5 grupimeve politike, fitoi kandidati i PD, z. Filip Guraziu. Edhe Këshilli i Bashkisë dominohej nga kjo parti; 15 PD, ndaj 4 PS, 1 PR e 1 PSD. Kryetar i Këshillit të Bashkisë ka qenë z. Ahmet Bushati. Gjatë këtij mandati u miratua edhe stema e qytetit.
Pas katër viteve, me 20 tetor 1996 u bënë zgjedhjet e dyta për këtë organizëm të pushtetit vendor. Pas balotazhit në mes të grupit politik “E Djathta e Bashkueme Shkodrane” e të PD-së, fitoi e para, duke vënë në postin e Kryetarit të Bashkisë z. Bahri Boriçi. Përbërja e Këshillit të Bashkisë ishte; PD e aleatët e saj 11 vende, “E Djathta e Bashkueme Shkodrane” 4 vende, PS e aleatët saj 6 vende. Këshilli i bashkisë u drejtua nga z. Mark Krroqi (PD).
Zgjedhjet e treta u bënë më 1 tetor 2000 ku fitoi kandidati i PD, z. Ormir Rusi. Po ashtu, maxhorancën e vendeve në Këshillin e Bashkisë e fitoi PD me partitë aleate të spektrit të djathtë. Kryetari i Këshillit të Bashkisë u zgjodh z. Ndoc Çefa i cili e kreu këtë detyrë deri në janar 2003. Për periudhën janar – tetor 2003 Kryetar i Këshillit të Bashkisë u zgjodh Z. Anton Leka.
Në zgjedhjet që u zhvilluan me 12 tetor 2003 fitoi Z. Artan Haxhi i PD. Kryetar i Këshillit të Bashkisë u rizgjodh Z. Anton Leka.
Në zgjedhjet që u zhvilluan me 18 shkurt 2007 fitoi Z. Lorenc Luka i PD. Kryetar i Këshillit të Bashkisë u zgjodh Z. Bardhyl Lohja.
Në zgjedhjet që u zhvilluan me 21 qershor 2015, fitoi znj. Voltana Ademi, kandidaturë e Partisë Demokratike. Kryetar i Këshillit të Bashkisë u zgjodh z. Xhemal Bushati.
Në zgjedhjet që u zhvilluan me 30 qershor 2019, vazhdon në detyrë Kryetare e Bashkisë Znj. Voltana Ademi, kandidaturë e Partisë Demokratike. Kryetare e Këshillit të Bashkisë u zgjodh Znj. Brisela Kadija, kandidaturë e Partisë Socialiste.
Në zgjedhjet e pjesshme vendore që u zhvilluan me 06 mars 2022 fitoi Z. Bardh Spahia Kryetar Bashkie, kandidaturë e Shtëpisë së Lirisë. Kryetare e Këshillit të Bashkisë vazhdon në detyrë Znj. Brisela Kadija, kandidaturë e Partisë Socialiste.
Në zgjedhjet vendore që u zhvilluan me 14 Maj 2023, fitoi Z. Benet Beci Kryetar Bashkie, kandidaturë e Partisë Socialiste. Kryetar i Këshillit të Bashkisë u zgjodh Z. Oltion Luli, kandidaturë e Partisë Socialiste.